Првата црковна општина – црква во Австралија, и воопшто во Дијаспората, со име Македонска Православна Црква, е основана во Крејбс Kрик (Crabees Creek), Нов Јужен Велс во 1946 г. Нешто подоцна во 1952 г., Македонците во Фицрој (Fitzroy), Мелбурн, ја организираат црковна општина – црква Свети Кирил и Методиј, и бидејќи во тоа време Македонската Црква сеуште немала организиран црковен живот и ерархија, нејзиното осветување и регистрирање го извршил бугарскиот владика Андреј Велички под името Македоно-бугарска источна православна црква. Дадениот збор на бугарскиот владика пред Македонците организирани во црковна општина, дека нивната црковна општина ќе биде предадена под јурисдикција на Македонската Православна Црква штом таа биде организирана, никојпат не бил исполнет.
Во 1958 г. во Квинбијан е организирана нова црковна општина Свети Илија која исто така потпаднала под јурисдикција на Бугарската Православната Црква сè до 1969 г., кога одново се регистрирала под компаниски закони под името Македонска Православна општина од Квинбијан и околиите.
Кон крајот на 1959 г., во Мелбурн се организира трета црковна општина, и таа регистрирана како компанија под името Македонската православна општина за Мелбурн и Викторија. Православните македонци од оваа црковна општина купиле простор во Фицрој и штом го преуредиле во црква посветена на Свети Георгиј Победоносец. Осветувањето го извршил архиерејот на МПЦ, митрополитот Наум во 1960 г.
Во периодот од 1959 до 1967 г., кога за црковните општини во Дијаспората се грижи Светиот Архиерејски Синод на МПЦ, на територијата на Австралија, без црквата Свети Кирил и Методиј во Фицрој, се организирани вкупно четири црковни општини, но за жал, сите како компании а не како црковни општини што примиле Правилници усогласени со Уставот на МПЦ и Светите Канони и одобрени од САС на МПЦ.
Од 1967 г., Австралиската територија сочинува составен дел од новоформираната Американско-Канадска и Австралиска Епархија која се до 1974 г. е управувана од митрополитот Кирил како надлежен Архиереј.
Првото Епархиско Собрание се одржало во 1971 г. во Волонгонг на кое бил донесен еднообразен Правилник за работата на црковните општини.
Периодот под раководство на Митрополитот Кирил завршува со 9 организирани црковни општини и цркви, од кои, покрај спомнатите, се вбројуваат: црквата Свети Никола во Перт, црквата Света Богородица во Њу Кастел и црквата Свети Наум во Аделаид.
Во 1974 г., на Црковно-народен Собор е изменет и дополнет Уставот на МПЦ и тогаш како посебна за Австралиската дијаспора е оформена Македонската православна Епархија за Австралија и е ставена под раководство на САС на МПЦ до 1981 г., кога за надлежен архиереј е поставен митрополитот Тимотеј.
Во 1974 г. донесен е првиот Правилник одобрен од Светиот Синод за црковната општина во Футскрај и Јаравил во Мелбурн, и оттогаш наваму, како услов за да се формира една црковна општина и да биде под јурисдикција на Македонската Православна Црква, било потребно на Црковно – општинско Изборно Собрание да се изгласа еднообразен Правилник одобрен од Светиот Синод на МПЦ.
Во времето на митрополитот Тимотеј се организирани и изградени 6 црковни општини и цркви кои примиле Правилници одобрени од Светиот Архиерејски Синод. Владиката Тимотеј раководи со Епархијата до 1994 г. кога по негово барање е разрешен. Непосредно пред барањето да биде разрешен, 12 црковни општини му откажале соработка и заедничко управување на црквите и манастирите, и само 5 останале под негова управа и во Епархијата.
Следува едногодишниот период кога Светиот Синод, приморан, повторно управува со Епархијата и кога се констатира дека постои реална опасност за распаѓање на Епархијата. Откако САС на МПЦ, донесе решение дека за надминување на состојбата е потребно да се постави нов Архиереј, во 1996 г., едногласно, за нов надлежен Архиереј беше избран митрополитот Петар.
Во 1996 г. во Џелонг, под претседателство на надлежниот архиереј, Митрополитот Петар, се одржа Епархиско Собрание на кое е донесен Статут на Епархијата – потврден и од Врховните Судови на Викториjа и во Нов Јужен Велс.
Во 1997 г., Австралиско-новозеландската Епархија успеа да го регулира и правниот статус и регистрација пред државата со име: Македонска Православна Епархија за Австралија и Нов Зеланд. Подоцна, поради состојбите и условите, е направена мала измена и конечно таа е регистрирана под името: Македонска Православна Црква, Епархија за Австралија и Нов Зеланд, при што посебно е нагласено дека таа е под јурисдикција на Македонската Православна Црква – Охридската Архиепископија со седиште во Скопје. Организирањето на канонскиот црковен живот во Австралија претставуваше макотрпен процес. Многу немили настани и проблеми се случуваа поради злоупотребите и обидот да се приграби имотот на Македонската Православна Црква од страна на поединци и групи, кои, спротивно на Црковните закони, Уставот на МПЦ-ОА и Статутот на Епархијата, ги узурпираа и управуваа Црквите како компании и инкорпорирани асоцијации. Затоа неизбежни беа судските процеси, за да се докаже дека црковниот имот е сопственост на Македонската Православна Црква, а Владиката, свештенството и верниците, се должни да го чуваат единствено како нејзин и Божји имот. Од 1996 наваму, со судски пресуди вратен е имотот и во црковно-канонско единство со МПЦ се вратени: 3 Црковни Општини и 1 црква на суд со спогодба.
Од 1996 г. до денес, се организирани 11 нови црковни општини за кои се изградени и осветени 11 нови цркви. Освен нив се купиле, преуредиле и осветиле две цркви, а за кратко време се изградени два нови манастири: Свети Прохор Пчински во Донибрук и Света Петка во Кембла Гранџ.
Шест епархиски цркви се целосно фрескоживописани во македонски-византиски стил, а во 8 цркви се изработени нови иконостаси и иконостасни икони. Во сите цркви избработени се Архиерејски тронови, што не било случај во периодот пред 1996 г.
Во црквите и општините се изградени 7 нови црковни или епархиски духовни центри, кои не служат како постарите, единствено за јадење и пиење, за веселби и за ора, туку првенствено за извршување на мисијата на црквата. Покрај реновираната Привремена Митрополија во Футскрај и Митрополитската резиденција во Каролајн Спрингс, започната е изградбата на новата митрополитска административна зграда кај Соборната Црква во Мелбурн.
Во 2016 г., во рамки на Македонската Православна Црква, Епархија за Австралија и Нов Зеланд е формирана и регистрирана Корпорација за Доверителство (Trust) во која се доверени повеќе црковно-општински имоти, и истото во најскоро време, се обврзале да го сторат и останатите Црковни општини во Епархијата.
Црковните имоти во Корпорацијата за доверителство: „Македонска Православна Црква – Епархија за Австралија и Нов Зеланд“, согласно Црковните канони и закони, ги чува Телото за старателство на имотите, односно Епархискиот Управен Одбор, чии членови според Црковните закони се потврдуваат и избирааат на Епархиско Собрание. Со организирањето на Австралиско-новозеландската Епархија и регистрирањето на црковните имоти во Корпорацијата за доверителство (Trust) во голема мера е забрзан процесот, конечно, во Австралискиот парламент да се донесе Законот за старателство за Македонската Православна Црква и Австралиско – Новозеландска Епархија.
